В историю татарского народа Фаизханов вошёл как первые учёный, который совместил в себе классическое мусульманское образование и работу в императорских учебных заведениях. Будучи учеником и идейным приемником Марджани, ему удалось показать татарам, что можно и нужно обучаться в светских учебных заведениях.
Фаизханова можно назвать первым татарским востоковедом. За всю свою жизнь он переписал множество известных трактатов мусульманских учёных, что позитивно повлияло на развитие российской востоковедческой школы. К сожалению, до наших дней дошло мало рукописей татарского востоковеда. После его смерти вдова, оказавшись в бедственном положении, распродала личный архив учёного.
