Действительно, он учился у суфийских наставников в городах Бухара и Самарканд, но Ш.Марджани, в основном, брал знания там самостоятельно по книгам, сидя в библиотеках. Он не симпатизировал среднеазиатским ученым, так как полученные там знания были основаны лишь на схоластике, поэтому не последовал за ишанами, выбрал другой путь, далекий от практического суфизма и даже начал критиковать ишанов.
Современники и ученики ученого говорили, что у него вовсе не было мюридов, он смеялся над словом «ишан», читал вместо суфийских молитв только Коран, а также в своей книге «Ал-барк ал-вамид» критиковал суфийские нововведения и писал, что чтение суфиями в определенное время определенных молитв по шариату неправильно.
Ученый крайне негативно относился к некоторым деяниям и обычаям среднеазиатских суфиев. Религиозный и общественный деятель Ш. Шараф (1877 - 1938) об этом написал следующее: «Марджани не любил средства обучения и многие правила Бухары. Ему очень не нравилось то, что бухарцы слишком чтят могилы и просят помощи у покойников. Однажды, во время пожара, видя, как жители кричали «О Ходжа Бахаутдин, помоги», он хотел им сказать: «Население нашего села намного лучше, чем эти. Помощь просят у Аллаха, возвеличивают Его и говорят азан».
К тому же, в повседневной жизни Ш. Марджани не был аскетом: носил роскошную одежду, много ел, ездил на хороших лошадях, жил в большом доме, т.е. жил довольно богато. В некоторых своих книгах Марджани иногда выражал положительное отношение к суфизму, но он имел в виду духовное совершенство, аскетизм.
Однажды, когда один человек попросил у Ш.Марджани разрешения пойти к одному ишану и служить ему, он сказал: “Не занимайся ерундой”. Другой, желая вступить в тарикат (суфийское братство), попросил ученого показать кого-нибудь в качестве наставника, но Марджани ему ответил: «Лучший наставник – это Коран».
Если бы Ш. Марджани был суфием, то великий татарский поэт Г. Тукай (1886 - 1913) не стал бы его восхвалять и посвящать ученому стихотворение «Шигаб хазрат», а наоборот, подверг бы критике, т.к. поэт называл и считал суфийских ишанов разрушителями и врагами татарской нации.
Таким образом, Ш. Марджани не имел никакого отношения к суфиям. Об этом написал и известный религиозный, общественный деятель Ахмадхади Максуди (1868 - 1941):
«Марджани появился в эпоху, когда весь исламский мир был обречен на беды таклида (слепого следования богословам) и суфизма, полностью выполнил поставленную задачу, выпавшую на его долю. Он не был писателем, поэтом, суфийским шейхом, философом, но был сильным мыслителем, муджтахидом (высокопоставленным исламским ученым). И в вопросах веры проявил старание, определенные религиозные постановления принимал только после того, как сам все это изучал. В вероубеждении он не был ашаритом, матуридитом, философом, а был Марджани. И его сущность заключалась в том, чтобы полностью следовать Корану и Сунне и не следовать кроме них никому без доказательств».
